İkinci sergi salonu olan Emecik-Burgaz Salonu’nda Datça-Burgaz Kazıları sırasında ortaya çıkarılan eserler ve Datça’nın Emecik Mahallesi yakınlarındaki Apollon Tapınağı’nda bulunan, çoğunluğu kireç taşı heykelcikler ve pişmiş toprak figürinlerden oluşan eser grubu sergilenmektedir. Arkaik Dönem’e ait bu eserler Müze’nin en önemli koleksiyonlarından birini oluşturmaktadır.
CEBean ve JMCook tarafından 1952 yılında yapılan bir çalışmada Knidos’un ilk olarak Datça Yarımadası’ndaki Burgaz’da kurulduğu ve MÖ 4. yüzyılda Tekir Burnu’na taşındığı belirtilmiştir. 1980’li yıllardan itibaren Prof. Dr. Numan Tuna, Datça Yarımadası’nda arkeolojik araştırmalara başlamıştır. Prof. Dr. Numan Tuna’ya göre Burgaz arkeolojik alanı, bugünkü Datça şehir merkezinin 2 km kuzeydoğusunda, deniz seviyesinden 12 m yükseklikte küçük bir yarımadanın düzgün kıyı şeridini kestiği yerde yer almaktadır. Yarımadanın uzunluğu yaklaşık 400 m olup güney batı ve kuzey doğuda liman kalıntıları bulunmaktadır. Küçük yarımada, kuzeyde 45 hektardan fazla uzanan antik yerleşimlerle çevrilidir.
M.Ö. 7. yüzyılda Knidos gelişip kalabalıklaşmış; M.Ö. 6. yüzyılda dönemin en kaliteli mermerlerinden Delphi’deki Apollon kültür merkezine bağışlanarak hazine dairesi inşa edilmiştir. Verimli tarım arazilerinin bulunduğu bu yerde tahıl tarımı, bağcılık ve zeytincilik yapılırken, şarap ticareti kentin en önemli gelir kaynağı olmuştur.
M.Ö. 546 yılında Dorlar, Perslere karşı Knidos’u savunmak amacıyla Datça Yarımadası’nın en dar yerinde Balıkaşıran mevkiinde kazı yaparak Datça Yarımadası’nı adaya çevirmeye çalışmışlar ancak kayaların sertliği, işçilerin yaralanmaları ve ölmeleri ve danıştıkları kahinlerin kazı çalışmalarını durdurmaları yönündeki tavsiyeleri üzerine vazgeçmişler ve Perslere boyun eğmişlerdir. Knidos, Dorlar tarafından kurulan 6 kentin merkezi olmuştur. M.Ö. 4. yüzyılda Tekir Burnu’na taşındıktan sonra Burgaz’daki yerleşim tamamen terk edilmemiş, Stadia ismiyle varlığını sürdürmüş ve bu isim zamanla Datça’ya dönüşmüştür.
Burgaz Arkeolojik Kurtarma Kazıları, Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Tarihsel Çevre Değerleri Araştırma Merkezi tarafından Burgaz alanını belgelemek, kurtarmak ve korumak amacıyla 1993 yılında başlatıldı ve 2003 yılına kadar yapılan kazılar öncelikle yerleşimin kapsamı ve zaman dizisine odaklandı. M.Ö. 8. yüzyıla kadar uzanan antik yerleşim seviyeleri, avlulu konut yapıları, taş döşeli yollar ve M.Ö. 400 civarında inşa edilmiş bir savunma sistemi, Arkaik ve Klasik Çağ tabakalaşmasında yayılmış olarak ortaya çıkarılmıştır.
Kazılarda şarap fabrikaları ve depolama mahzenleri, tapınakların adak sunularında çok sayıda kadın figürü ortaya çıkarılmış ve üretimin büyük ölçüde konutların içinde yapıldığı tespit edilmiştir. Prof. Dr. Numan Tuna’ya göre antik yerleşim MÖ 4. yüzyılda kısmen terk edilmiştir.
Knidos’un ilk kurulduğu yer olan Burgaz yerleşimindeki kazılar, 1998 yılından bu yana Kültür Bakanlığı adına Ortadoğu Teknik Üniversitesi tarafından, Alman Bilimsel Araştırma Kurumu işbirliği ve Gerda-Henkel Vakfı’nın katkılarıyla yürütülüyor.
Prof. Dr. Numan Tuna’ya göre, Antik Çağ’ın ünlü tarihçisi Herodot’un bahsettiği 6 Dor şehir birliğinin toplandığı ve Apollon adına yarışmalar düzenlediği yer burasıydı ve yarışmayı kazananlara ödüllerin verildiği Apollon Tapınağı da burada bulunuyordu. Ona göre, kazı sonuçları, özellikle alt terasta yapılan kazılarda ortaya çıkarılan buluntular, Emecik/Sarı Liman Kutsal Alanı’nın MÖ 6. yüzyılın sonlarına kadar denizaşırı bir öneme sahip olduğunu göstermektedir.
Buluntular, yalnızca Mısır, Fenike ve Etrüsk kökenli ithal malların sınırladığı geniş hinterlandıyla değil, aynı zamanda bugüne kadar Doğu Yunan üretimi olduğu bilinen, ancak Knidos malı olduğu doğrulanan kireç taşı ve pişmiş toprak figürinler ile çanak çömlek örneklerinin zengin çeşitliliğiyle de dikkat çekicidir.
Kutsal Alan’da bulunan ve adak objesi olduğu anlaşılan değerli arkeolojik eserlerin epigrafik verileri ve özellikleri, Arkaik Emecik Kutsal Alanı’nın Apollon ile ilişkilendirilmiş olması gerektiğini kanıtlamaktadır. Apollon Tapınağı’nda yapılan kazılarda M.Ö. 8.-9. yüzyıla tarihlenen motifler, sunular, heykeller, boğa, şahin ve savaşçı figürleri bulunmuş; tapınakta ve çevresinde yapılan kazılarda daha sonraki dönemlerde başka tapınak ve kiliselerin inşa edildiği ortaya çıkarılmıştır.